Duży rozmiar (a zatem długi czas oczekiwania na wczytanie), niemożność czytania przez google (google widzi całą treść jako <canvas></canvas> i nic więcej), może nie każdemu działać i wymaga nowych przeglądarek. I ciężko ją aktualizować (jedna literka oznacza wgrywanie wszystkiego na nowo, a dodatkowo cache po stronie użytkowników może zmiany pokazać dopiero po czasie, jeśli nie masz dobrze skonfigurowanego serwera).
Jak chcesz animowane menu, to jest tysiące przykładów w sieci. Wpisz np. "jQuery animated menu" (lub javascript animated menu).