Hehe, miałem ostatnio ten problem robią uploader we flashu - się okazało, że zgłaszał się jako nowa sesja, z przeglądarką o nazwie Action Script. Stąd wniosek w tym kierunku.
Nie masz jakiegoś mechanizmu sesji przez który cron jest niezalogowanym userem i nie moze dodać rekordów?
Btw. spróbuj poprzez ob_start() zebrać treść wygenerowanej strony i zapisać ją do pliku, może pojawia się jakiś error PHP który tylko w ten sposób zostanie zauważony ?
GML nie jest kompilowany - w gotowej grze zajmuje 100% tego co w pliku gm6/gmk. Włącznie z komentarzami (dlatego GM obfuscator w Javie miał opcję usuwania komentarzy).