Doprecyzuję, bo nieprecyzyjnie napisałeś. Git poprzez parametr -a uwzględni w commicie każdą modyfikację plików trackowanych, włącznie z usunięciem i zmianą nazwy - bo te akcje to technicznie modyfikacje pliku (Tobie zapewne chodziło o modyfikację zawartości pliku), z tym że dla zmiany nazwy warto dla pewności użyć git mv.
Git add po prostu dodaje nowe / nieznane gitowi pliki do trackowania. Git -m i -am różnią się w zasadzie jedynie automatycznym stagem zmodyfikowanych, trackowanych plików.
A co do używania gita cli, to w zasadzie używam tylko do pobrania repo. W dzisiejszych czasach znajomość cli nie jest jakoś specjalnie wymagana do pracy jak się ma narzędzia gui. Wystarczy znać podstawy działania typu właśnie pull, fetch, push, merge, fast-forward, rebase i cherry pick. Ja już nawet nie pamiętam kiedy squashowałem jakieś commity.