Nie musi wcale ruszać partycji ext4. Wystarczy, że nadpisze część rekordu MBR (program uruchomieniowy), albo zmieni flagę Bootable w tablicy partycji. Żeby to potem naprawić nie trzeba dużo - wystarczy livecd z Linuksem i ponowna instalacja grub.
Jak bootujesz z UEFI i masz tablicę partycji w formacie GPT, to jesteś wtedy w lepszej sytuacji, bo każdy system dodaje swój pliczek rozruchowy w partycji systemowej EFI i wtedy nie ma żadnych konfliktów, a w dodatku możesz wybierać system z poziomu BIOS-a zanim odpali się jakikolwiek bootloader.
Co do odczytu ntfs z poziomu Linuksa: mogą wystąpić problemy jak nie odznaczysz w Windowsie "Szybkiego uruchamiania" przed zamontowaniem partycji systemowej, ale można go wtedy zamontować w trybie read-only.