Crash zdarza się, gdy jeden z wątków odwołuje się do pamięci, która w tym samym momencie jest modyfikowana przez inny wątek (np. poprzez operowanie na zmiennych, strukturach danych etc.). Możliwe też, że użyłeś w tych skryptach section_* jakichś funkcji GML nie przystosowanych do MT.
No i z tego co widziałem na gmc.yoyogames.com w temacie GMThreads, zdaje się, że samo używanie skryptów w wątkach nie trybi tak jak trzeba (niepoprawne argumenty są przekazywane) :/