Program, który jest pokazany na filmiku korzysta z tzw. mesh deformation (płynnie zniekształca fragmenty grafiki). Spine też to ma (w droższej wersji), ale wydaje mi się, że Gamemaker nie obsługuje mesh-deformation i musiałbyś wszystko wrzucać jako klatki.
Tak to wygląda w Spine
A co do darmowego programu do animacji poklatkowej to może GIMP albo Krita.
https://www.gimp.org/
https://krita.org/en/
Dla mnie GIMP jest specyficzny i jak już korzystałeś np. z Photoshopa to ciężko się przesiąść. Z Krity nie korzystałem ale mocno się rozwija i wygląda na to, że ma wszystko to, co byś chciał: animację poklatkową, onion skining itp. plus jest w PL