Problem polega (bynajmniej mi się tak zdaję), że linux zainstalował swojego boot'a (GRUB chyba) i on stał się tak jakby głównym programem który startuję system operacyjny, jak wyjmujesz pendriva to niema tego programu, coś by trzeba zrobić aby ten windowsowy był domyślny, może w biosie nastaw coś tam primary (że odczyt z tego, tam tez możesz nastawić ,np. CD) nastaw na dysk twardy, gdzie masz windę, może pomoże(wiem że pisałeś że nastawiłeś ale może coś źle??), na moje powinno działać, bo boota windy nie usuwałeś... Ewentualnie jakbyś mógł to fotkę albo ten komunikat napisz co wyskakuje....